1980 年代的巴列卡诺，陷入了 “降级 - 升级” 的循环，成为西班牙足坛典型的 “升降机” 球队。1983-84 赛季，球队从第二级别联赛降级至西乙 B（第三级别），跌入阶段性低谷。但俱乐部并未放弃，1984-85 赛季，在弗朗西斯科・丰坦（Francisco Fontán）担任主席、爱德华多・卡图拉（Eduardo Caturla）执教的情况下，巴列卡诺重新杀回第二级别联赛，完成 “触底反弹”。此后两个赛季，赫克托・努涅斯再度执掌教鞭，带领球队在乙级联赛中站稳脚跟，为后续冲击西甲积累经验。

1988-89 赛季是 1980 年代的关键转折点。这一赛季初，弗朗西斯科・丰坦卸任主席，佩德罗・加西亚（Pedro García）在主席选举中胜出；竞技层面，在主帅费利克斯・巴尔德拉斯（Félix Barderas，昵称 “Felines”）的带领下，巴列卡诺以 “直接升级” 的方式重返西甲，这是球队自 1979 年降级后，时隔十年再度跻身顶级联赛。然而，1989-90 赛季，初回西甲的巴列卡诺未能适应顶级联赛节奏，最终再度降级，“升降机” 的标签依旧未能摆脱，但连续两个赛季的 “升级 - 降级”，也让球队积累了应对不同级别联赛的经验。

1990 年代的巴列卡诺，在 “经济危机” 与 “竞技突破” 的交织中前行。1991-92 赛季，俱乐部迎来重大变革 —— 何塞・马里亚・鲁伊斯 - 马特奥斯（José María Ruiz-Mateos）接手球队，将其改组为体育股份公司（Sociedad Anónima Deportiva），为陷入经济困境的俱乐部注入新的运营模式。竞技层面，主帅何塞・安东尼奥・卡马乔（José Antonio Camacho）中途接替欧塞维奥・里奥斯（Eusebio Ríos），带领球队再度升入西甲，这是球队 1990 年代的首次西甲之旅。

1993-94 赛季，俱乐部迎来首位女主席 —— 特蕾莎・里韦罗・桑切斯 - 罗马特（Teresa Rivero Sánchez-Romate），她在丈夫鲁伊斯 - 马特奥斯卸任后接过主席职位，成为当时西甲少有的女性俱乐部掌舵人。这一赛季，巴列卡诺在西甲排名第 17 位，不得不通过保级附加赛与拉科鲁尼亚争夺西甲席位，最终 1-3 不敌对手，再度降级。1994-95 赛季，弗朗西斯科・加西亚（“Paquito”）出任主帅，球队在国王杯中展现出强劲竞争力，先后淘汰努曼西亚、安道尔、桑坦德竞技和帕拉莫斯，一路杀进第五轮（八强），最终在半决赛门前不敌希洪竞技；联赛层面，球队以乙级联赛第 2 名的成绩，第四次升入西甲，实现 “降级即升级” 的快速反弹。

1995-96 赛季，巴列卡诺在西甲赛场上留下经典瞬间 ——1 月 21 日，球队在伯纳乌球场 2-1 击败皇马，吉列尔梅（Guilherme）包办两粒进球，成为球队历史上 “爆冷击败豪门” 的代表性战役。尽管赛季末球队排名第 19 位，但在保级附加赛中，巴列卡诺先输后赢：客场 0-1 不敌马洛卡，主场 2-0 逆转取胜，成功保级，留住西甲席位。1996-97 赛季，西甲调整降级规则，设置 4 个直接降级名额和 1 个附加赛降级名额，巴列卡诺最终排名第 18 位，不得不再次与马洛卡进行保级附加赛，最终因客场进球劣势（客场 0-1、主场 1-2）降级。1997-98 赛季，球队在乙级排名第 10 位，未能冲击升级；1998-99 赛季，胡安德・拉莫斯（Juande Ramos）出任主帅，球队以乙级第 4 名的成绩进入升级附加赛，两回合 0-2、2-0 双杀埃斯特雷马杜拉，第五次升入西甲。

这一赛季的升级附加赛次回合，巴列卡斯球场座无虚席，甚至有 3000 名球迷无法入场，俱乐部不得不在场外架设大屏幕直播比赛；升级后，20000 名球迷聚集在巴列卡斯新喷泉广场庆祝，成为球队历史上最盛大的欢庆场面之一。1999 年，巴列卡诺还举办了成立 75 周年庆典，发行纪念海报，回顾 75 年风雨历程 —— 这十年的 “三升三降”，虽然充满波折，却也让球队在反复的历练中，逐渐形成了坚韧不拔的 “草根精神”，为 2000 年代的欧战突破埋下伏笔。